データベース一覧
理研が提供する公開データベースの一覧です。
1 ライフサイエンス／生物資源分野
1.1 遺伝情報・ゲノムデータ
| 領域 | 公開データベース名（略称） | 概要 | 公開日 | センター・本部等 |
|---|---|---|---|---|
| 生命科学/環境科学 | バイオリソースメタデータベース (BRMD) | バイオリソースメタデータベース (BRMD) は，理研バイオリソース研究センター（BRC）が提供するバイオリソース（実験用マウス，実験用植物，細胞材料，遺伝子材料，および微生物材料）のメタデータ情報を格納するデータレポジトリです．バイオリソースの基本情報、表現型および疾患等のオントロジー、遺伝子間のオルソログ（相同性）情報などが統合されています。メタデータの世界標準技術であるセマンティックウエブやResource Description Framework (RDF) に基づいてデータを公開しています．ユーザーは，検索言語であるSPARQLを使用して，すべてのデータを検索しダウンロードできます． 本データベースは、BRCにおける各リソースのオンラインカタログと連携しています。 | 2019/12/24 | バイオリソース研究センター統合情報開発室 |
| 生命科学 | マウス表現型公開データベース (Pheno-pub) | マウス表現型研究開発室では、ヒト疾患病態の理解と遺伝子機能の解明を目指して、遺伝子改変マウスを中心に表現型を網羅的に解析する「マウスクリニック」を実施しています。700以上の項目を体系的に検査することで遺伝子改変マウスに新たな表現型が見出され、新規ヒト疾患モデルとして再評価されることが期待できます。Pheno-pubではマウスクリニックで解析したデータを依頼者の了承を得て公開し、マウスリソースの整備および知的基盤整備に貢献しています。 | 2009/5/13 | バイオリソース研究センターマウス表現型研究開発室 |
| 生命科学 | モグプラス (MoG+) | MoG+は、理研BRCから提供される多様な実験用マウス系統、特に複数の野生由来系統や疾患モデル系統を対象に、ゲノム多型を可視化・比較可能なデータベースであり、疾患研究や機能解析に資する情報基盤である。多型情報には、公共データベースから入手したものも適宜取り込み、公開している。参照ゲノム配列の複数バージョンに対応しており、SNPやインデルに加え、構造多型の検索も可能である。これにより、ユーザーは遺伝子領域や調節領域をゲノム多型に考慮して高精度に解析できる。 | 2020/3/27 | バイオリソース研究センター統合情報開発室 |
| 生命科学/環境科学 | 理研BRCバイオリソース横断検索システム (RBBX) | バイオリソース横断検索システム (RBRX) は，理研バイオリソース研究センター（BRC）のウェブサイト（https://web.brc.riken.jp/）上で、実験用マウス，実験用植物，細胞材料，遺伝子材料，および微生物材料のデータに対して横断的な検索を可能にするシステムです。バイオリソース名，遺伝子名のほか，疾患や表現型などオントロジー用語をキーワードとして使用することで，関連するバイオリソースを効率的に検索することができます．また、より詳しい条件で検索が可能なアドバンスド検索機能も提供しています。本システムは、バイオリソースメタデータベース (BRMD) をバックエンドのデータベースとして稼働しています。 | 2019/7/1 | バイオリソース研究センター統合情報開発室 |
| 生命科学/環境科学 | 理研BRC遺伝子リソースカタログ | 理化学研究所バイオリソース研究センター遺伝子材料開発室が収集・保存・品質管理・提供している重要かつ有用な遺伝子材料（ヒト、動物、微生物およびウイルス由来のcDNAクローン等）に関する情報を公開しています。遺伝子材料の検索ができ、それらの全長塩基配列や付随する成果論文などの情報を閲覧できます。 | 2011/8/18 | バイオリソース研究センター遺伝子材料開発室 |
| 生命科学/環境科学 | 理研BRC実験植物リソースカタログ | 理化学研究所バイオリソース研究センター実験植物開発室が収集、維持・保存、提供しているバイオリソース（シロイヌナズナ野生株、シロイヌナズナ変異体種子、植物培養細胞、植物遺伝子クローン）に関する情報を公開しています。バイオリソースの検索や、系統情報および特性データの閲覧が可能です。 | 2017/10/31 | バイオリソース研究センター実験植物開発室 |
| 生命科学/環境科学 | 理研BRC植物培養細胞技術資料集 | 理化学研究所バイオリソース研究センター実験植物開発室から提供する植物培養細胞の取扱プロトコール（培地調製方法、継代方法）と関連技術プロトコール（遺伝型解析、形質転換、超低温保存など）を提供しています。品質情報として、遺伝型検査結果や維持履歴の参照が可能です。 | 2018/6/19 | バイオリソース研究センター実験植物開発室 |
| 生命科学 | 霊長類性格遺伝子データ (NHPNNPPG) | 霊長類動物の性格・遺伝子情報に関するデータベース、上記の脳MRIデータベースと合わせた分析を行うことで、性格や遺伝子や脳機能構造との関連性を調査するのに役立つ。 | 2020/8/2 | 生命機能科学研究センター脳コネクトミクスイメージング研究チーム |
| 生命科学 | fanta.bio (fanta.bio) | fanta.bio（Functional genome ANnotations with Transcriptional Activities）は、遺伝子制御の研究を目的として、ゲノムの機能的注釈を収集するデータベースであり、特にプロモーターやエンハンサーなどのシス制御エレメント（CREs）に焦点を当てています。 fanta.bioにおけるCREの同定は、転写情報に基づいている。プロモーターおよびエンハンサーは、それぞれmRNA、lncRNA、uaRNA（上流アンチセンスRNA）、eRNA（エンハンサーRNA）などの特異的なRNA群を産生し、これらの転写産物が同定に有効に利用されている。CREをトランスクリプトーム情報から同定する手法はFANTOM5プロジェクトで先駆的に行われており、本データベースではその手法をさらに多くのデータセットに適用したものです。さらに、転写因子（トランス因子）のゲノム結合部位や、個体間のゲノム多様性といった関連リソースも収集しています。 | 2023/3/28 | 生命医科学研究センター生命医科学大容量技術研究チーム |
| 生命科学 | FANTOM5 Web Resource (FANTOM5) | FANTOM5データセットは、ヒトおよびマウスの初代培養細胞、細胞株、組織、発生・分化・刺激後の時系列などのサンプルについて、遺伝子の転写開始点部位の活性を測定したおよそ3,000サンプルからなるデータセットであり、遺伝子のみならずプロモーターおよびエンハンサーの活性や、miRNAやlncRNAの発現情報が含まれます。 | 生命医科学研究センター生命医科学大容量技術研究チーム | |
| 生命科学 | FANTOM6 Web Resource (FANTOM6) | FANTOM6ではノンコーディングRNAの機能解析を目的に、いくつかの細胞種やその刺激課程においてノンコーディングRNAのノックダウン後の遺伝子発現プロファイルの取得・解析や、RNA-ゲノム間相互作用データの取得・解析を行い、そのデータや解析結果を公開しており、本ウェブリソースから入手することができます。 | 生命医科学研究センター生命医科学大容量技術研究チーム | |
| 生命科学 | Gene Expression Commons | Each gene has a different dynamic-range of its expression. Gene Expression Commons provides dynamic-range of each gene by meta analysis of thousands of microarray data. By mapping your data onto it, you can profile absolute expression of any gene on the microarray. Goodbye, profiling relative difference of gene expression in pari-wise comparison. | 2016 | 生命医科学研究センター統合ゲノミクス研究チーム |
| 生命科学 | Japanese ENcyclopedia of GEnetic associations libraRy (JENGER) | 本データベースは、バイオバンク・ジャパンのゲノムデータを用いた、主に日本人を対象とするゲノムワイド関連解析(GWAS）、量的形質遺伝子座（QTL）、および発現量的形質遺伝子座（eQTL）の要約統計量データに加え、全ゲノムシークエンスデータから算出されたアレル頻度および構造多型（SV）情報も公開している、日本人集団向けのゲノム関連解析情報データベースです。 | 2017/10/17 | 生命医科学研究センターゲノム解析応用研究チーム |
| 生命科学/環境科学 | JCM オンラインカタログ | 微生物材料開発室では分類学の基準となる微生物や環境と健康の研究に資する微生物など、学術・研究上価値の高い微生物株を収集・保存し、これらの学名や分類、関連の論文発表などの学術情報、培養条件・培地組成など培養に関する情報等を利用者へ向けて公開しています。 | 1996～1997年頃 | バイオリソース研究センター微生物材料開発室 |
| 生命科学 | Marmoset Gene Atlas (MGA) | 我々の目標は、コモンマーモセット（Callithrix jacchus）の脳全体の遺伝子発現のゲノムワイドで高解像度のアトラスを確立することである。私たちは、in situハイブリダイゼーション（ISH）解析を用いて、生後の脳の発達から成体までの過程における遺伝子発現の変化を系統的に解析する。これらのデータから、霊長類特有の脳の構造、機能、結合性を明らかにするツールを開発するのに十分な情報が得られると期待しています。 | 2017/10/27 | 脳神経科学研究センター脳発達分子メカニズム研究チーム |
| 環境科学/生命科学 | RARGE : RIKEN Arabidopsis Genome Encyclopedia (Ver.2) (RARGE 2) | RIKEN Arabidopsis Genome Encyclopedia（通称 RARGE）は、cDNA 配列やトランスポゾン挿入変異体に関する情報など、Arabidopsis ゲノムに関する基本情報を提供する Web データベースです。 | 2013/11/6 | 環境資源科学研究センターメタボローム情報研究チーム |
| 生命科学 | refTSS (refTSS) | refTSSは、ヒトおよびマウスの転写開始点（TSS）に関する注釈付きのリファレンスデータセットである。このデータセットは、さまざまな公開リソースを収集・再処理・統合することで作成されている。データベースのインターフェースでは、TSSの検索、TSS注釈の閲覧、およびTSSセット内におけるLD領域のエンリッチメント解析が可能です。 | 2016/12/22 | 生命医科学研究センター生命医科学大容量技術研究チーム |
| 環境科学/生命科学 | rsoy:RIKEN Soybean Full-Length cDNA Database (rsoy) | ダイズの完全長cDNAの全データを閲覧できるデータベースです。理化学研究所では世界で初めてダイズの完全長cDNAを大規模に解析し、約23,000種のcDNAの全データを公開しました。本研究では、日本の代表的なダイズ栽培品種のルーツである「農林二号」の約40,000種の完全長cDNAを単離後、重複を除いた約23,000種のcDNAの部分塩基配列情報(EST)を決定し、その中から約4,700種のcDNA全長配列を決定しました。 | 2014/4/2 | 環境資源科学研究センターメタボローム情報研究チーム |
| 生命科学 | scPortalen2 (scPortalen2) | scPortalen2は、単一細胞RNAシーケンス（scRNA-seq）データの再利用・可視化を目的としたデータベースであり、ヒトおよびマウスの多様な公開一細胞データに関する注釈付きデータを提供しています。公開データを収集・再解析し、一貫性のあるパイプラインで処理することで、遺伝子発現プロファイルを比較可能としている。ユーザーはインタラクティブな検索や可視化ツールを用いて、特定の遺伝子や細胞群の解析を行うことも可能です。 | 2016 | 生命医科学研究センター生命医科学大容量技術研究チーム |
| 生命科学 | wPGSA online (wPGSA) | wPGSA（Weighted Parametric Gene Set Analysis）は、トランスクリプトームデータから転写因子の相対的活性を推定する手法である。ユーザーは自身の遺伝子発現データをアップロードし、転写因子の活性を可視化したヒートマップやテーブル形式の解析結果をブラウザ上の操作だけで得ることができる。主にバイオインフォマティクス研究者を対象としており、生物学的制御機構の解明や仮説構築のための解析支援を目的としています。 | 2004/02/16 | 生命医科学研究センター医療データ数理推論特別チーム |
1.2 表現型
| 領域 | 公開データベース名（略称） | 概要 | 公開日 | センター・本部等 |
|---|---|---|---|---|
| 生命科学/環境科学 | バイオリソースメタデータベース (BRMD) | バイオリソースメタデータベース (BRMD) は，理研バイオリソース研究センター（BRC）が提供するバイオリソース（実験用マウス，実験用植物，細胞材料，遺伝子材料，および微生物材料）のメタデータ情報を格納するデータレポジトリです．バイオリソースの基本情報、表現型および疾患等のオントロジー、遺伝子間のオルソログ（相同性）情報などが統合されています。メタデータの世界標準技術であるセマンティックウエブやResource Description Framework (RDF) に基づいてデータを公開しています．ユーザーは，検索言語であるSPARQLを使用して，すべてのデータを検索しダウンロードできます． 本データベースは、BRCにおける各リソースのオンラインカタログと連携しています。 | 2019/12/24 | バイオリソース研究センター統合情報開発室 |
| 生命科学 | マウス表現型公開データベース (Pheno-pub) | マウス表現型研究開発室では、ヒト疾患病態の理解と遺伝子機能の解明を目指して、遺伝子改変マウスを中心に表現型を網羅的に解析する「マウスクリニック」を実施しています。700以上の項目を体系的に検査することで遺伝子改変マウスに新たな表現型が見出され、新規ヒト疾患モデルとして再評価されることが期待できます。Pheno-pubではマウスクリニックで解析したデータを依頼者の了承を得て公開し、マウスリソースの整備および知的基盤整備に貢献しています。 | 2009/5/13 | バイオリソース研究センターマウス表現型研究開発室 |
| 生命科学/環境科学 | 理研BRCバイオリソース横断検索システム (RBBX) | バイオリソース横断検索システム (RBRX) は，理研バイオリソース研究センター（BRC）のウェブサイト（https://web.brc.riken.jp/）上で、実験用マウス，実験用植物，細胞材料，遺伝子材料，および微生物材料のデータに対して横断的な検索を可能にするシステムです。バイオリソース名，遺伝子名のほか，疾患や表現型などオントロジー用語をキーワードとして使用することで，関連するバイオリソースを効率的に検索することができます．また、より詳しい条件で検索が可能なアドバンスド検索機能も提供しています。本システムは、バイオリソースメタデータベース (BRMD) をバックエンドのデータベースとして稼働しています。 | 2019/7/1 | バイオリソース研究センター統合情報開発室 |
| 生命科学 | 理研BRCマウス系統リソースカタログ | 理化学研究所バイオリソース研究センター実験動物開発室が収集・保存・品質管理・提供しているマウス系統に関する情報を公開しています。マウス系統の検索や、系統情報、ヘルスレポート、供与核酸情報、保存形態、提供に必要な書類、利用者の成果論文等の情報を閲覧できます。 | バイオリソース研究センター実験動物開発室 | |
| 生命科学 | 理研BRC細胞リソースカタログ | 理化学研究所細胞バンクが保有する細胞資源に関するデータです。データには、資源の種類、細胞名、細胞ID、説明、提供者、写真、関連論文などの詳細が含まれています。 | 2017 | バイオリソース研究センター細胞材料開発室 |
| 生命科学/環境科学 | 理研BRC実験植物リソースカタログ | 理化学研究所バイオリソース研究センター実験植物開発室が収集、維持・保存、提供しているバイオリソース（シロイヌナズナ野生株、シロイヌナズナ変異体種子、植物培養細胞、植物遺伝子クローン）に関する情報を公開しています。バイオリソースの検索や、系統情報および特性データの閲覧が可能です。 | 2017/10/31 | バイオリソース研究センター実験植物開発室 |
| 生命科学/環境科学 | JCM オンラインカタログ | 微生物材料開発室では分類学の基準となる微生物や環境と健康の研究に資する微生物など、学術・研究上価値の高い微生物株を収集・保存し、これらの学名や分類、関連の論文発表などの学術情報、培養条件・培地組成など培養に関する情報等を利用者へ向けて公開しています。 | 1996～1997年頃 | バイオリソース研究センター微生物材料開発室 |
| 環境科学/生命科学 | Proteomic profiling for classification of compounds (ChemProteoBase) | HeLa細胞に作用既知の薬剤処理した時のプロテオームの変化を解析したデータベースです。プロテオームの変化は２次元電気泳動をベースとしたプロテオーム解析法の2D-DIGEを用いてデータを取得しています。併せて主要タンパク質スポットの同定結果を示すスポットマップも掲載されています。薬剤の作用解析を行う上で重要な情報となることが期待されます。 | 2016年以前 | 環境資源科学研究センター化合物リソース開発研究ユニット |
| 生命科学 | WDDD2 (WDDD2) | WDDD2は、線虫（C. elegans）初期胚における核分裂動態の定量データを収録したデータベースです。263の胚発生必須遺伝子それぞれをRNAiで個別に抑制し、4次元DIC顕微鏡と画像解析技術を用いて、野生型33胚およびRNAi処理胚1142個の核分裂データを取得しました。得られたデータから、統計解析により8660の再現性あるRNAi誘導表現型が特定され、初期胚発生に関与する24の機能的プロセスが示唆されました。WDDD2は、動物の発生メカニズムの解明に資する高品質なリソースです。 | 2020/2/7 | 生命機能科学研究センター発生動態研究チーム |
| 生命科学 | Worm Developmental Dynamics Database (WDDD) | 線虫の初期胚において、野生型と各胚発生必須遺伝子の機能をRNAiで阻害した場合の細胞分裂動態データを、4次元微分干渉顕微鏡（DIC）とコンピュータ画像処理を用いて収集しました。これは動物の発生過程を理解する上で重要な情報となります。 | 2012/5/18 | 生命機能科学研究センター発生動態研究チーム |
| 生命科学 | 包括脳プラットフォーム (CBSN-PF) | 本プラットフォームは、次のデータベースから構成されています。1) 包括脳支援データベース：新学術領域「包括型脳研究推進支援ネットワーク」において支援を行う研究者が情報を公開するとともに支援を受けた研究者もその成果の情報を公開します。2) 神経科学者SNS：神経科学・脳科学の研究者の情報交換・コミュニケーションの促進を目的としたSNSです。3) マウス表現型データベース：各種の遺伝子改変マウスの網羅的行動解析によって取得された個々のマウスの生データが登録されています。本プラットフォームは2016年度にてプロジェクトを終了しました。2019年度よりアーカイブサイトとして継続公開されています。 | 2010 | 脳神経科学研究センター神経情報基盤開発ユニット |
1.3 生物構成物質情報・代謝物情報
| 領域 | 公開データベース名（略称） | 概要 | 公開日 | センター・本部等 |
|---|---|---|---|---|
| 環境科学/生命科学 | Alga-PrAS (Algal Protein Annotation Suite) (Alga-PrAS) | 藻類は、高いバイオマス生産性、二酸化炭素削減、食品・栄養補助食品の創出などの潜在能力を持つことから、近年、環境研究や食品研究などにおいて最も注目されている生物種の一つです。また、近年の全ゲノム配列解析により、藻類のゲノム配列データが大量に得られるようになりました。しかしながら、藻類プロテオームの全体像に関する情報は未だ乏しいのが現状です。そこで、私たちは藻類プロテオームの全体像を把握するために、解析プロテオームデータベースサイトを開発しました。このデータベースを用いることで、種、生物群集、生息環境、機能群などにおけるプロテオームの比較解析を容易に行うことができます。 | 2017/7/1 | 環境資源科学研究センターメタボローム情報研究チーム |
| 生命科学 | Computational mass spectrometry (CompMS) | リピドミクス解析を行うために管理者らが開発を行ったソフトウエアをダウンロードすることができます。また、それらによって取得されたMSやMS/MSスペクトル、CCSなどの情報が公開されています。 | 2018 | 生命医科学研究センターメタボローム研究チーム |
| 環境科学/生命科学 | DROP Met (DROPMet) | DROP Metは、複数のMSベースのメタボローム解析から得られたデータセットのリポジトリおよび配布サイトです。解析条件に関する生の基礎データから生体サンプルの代謝プロファイルまで、様々なデータセットを公開しています。一部のデータセットは生データのまま公開しており、バイオインフォマティクスおよびメタボロミクス分野のユーザーが当センターのデータセットを用いてメタボロミクスの新たなアルゴリズムや方法論を開発することを期待しています。 | 2006/8/16 | 環境資源科学研究センターメタボローム情報研究チーム |
| 環境科学/生命科学 | Natural Products Encyclopedia (NPEdia) | NPEdia (Natural Products Encyclopedia) は、理化学研究所のケミカルバイオロジー研究グループが放線菌、真菌、植物その他の生物から単離された二次代謝物などの天然化合物の情報を収集し、構築したデータベースです。 天然化合物バンク (RIKEN NPdepo) に登録され、公開できる一部の化合物も含まれています。化合物の名称、CAS番号、分子量、構造、InChI情報などを収録しており、化合物名、InChIKeyや部分構造を指定して検索することができます。 | 2006年以前 | 環境資源科学研究センター化合物リソース開発研究ユニット |
| 環境科学/生命科学 | PlanMAXdb: Plant Metabolite Alliance eXplorer database (PlanMAXdb) | PlanMAXdbは、多様な植物種とその化学的な景観ランドスケープにまたがる包括的なメタボロームデータセットを活用し、薬用ファイトケミカルを含む未発見化合物を明らかにする。MS/MSデータセットを利用した分子ネットワーク関係アプローチにより、PlanMAXdbは108属25目157種に及ぶ434の植物サンプルから分子ネットワークを構築しています。 | 2024/1/10 | 環境資源科学研究センターメタボローム情報研究チーム |
| 環境科学/生命科学 | Proteomic profiling for classification of compounds (ChemProteoBase) | HeLa細胞に作用既知の薬剤処理した時のプロテオームの変化を解析したデータベースです。プロテオームの変化は２次元電気泳動をベースとしたプロテオーム解析法の2D-DIGEを用いてデータを取得しています。併せて主要タンパク質スポットの同定結果を示すスポットマップも掲載されています。薬剤の作用解析を行う上で重要な情報となることが期待されます。 | 2016年以前 | 環境資源科学研究センター化合物リソース開発研究ユニット |
| 生命科学/環境科学 | RIKEN LIPIDOMICS | マウスの主要組織やヒトのPlasma、主要細胞株、植物や藻類を対象にノンターゲットリピドミクスを行った結果が公開されています。また、分子量やCCSなどを基にした簡単なデータ表示や、MS/MSスペクトルから脂質構造のサーチなども行うことができます。 | 2020/11/25 | 生命医科学研究センター/環境資源科学研究センターメタボローム研究チーム/メタボローム情報研究チーム |
1.4 細胞情報・生体組織情報・バイオリソース情報
| 領域 | 公開データベース名（略称） | 概要 | 公開日 | センター・本部等 |
|---|---|---|---|---|
| 生命科学/環境科学 | バイオリソースメタデータベース (BRMD) | バイオリソースメタデータベース (BRMD) は，理研バイオリソース研究センター（BRC）が提供するバイオリソース（実験用マウス，実験用植物，細胞材料，遺伝子材料，および微生物材料）のメタデータ情報を格納するデータレポジトリです．バイオリソースの基本情報、表現型および疾患等のオントロジー、遺伝子間のオルソログ（相同性）情報などが統合されています。メタデータの世界標準技術であるセマンティックウエブやResource Description Framework (RDF) に基づいてデータを公開しています．ユーザーは，検索言語であるSPARQLを使用して，すべてのデータを検索しダウンロードできます． 本データベースは、BRCにおける各リソースのオンラインカタログと連携しています。 | 2019/12/24 | バイオリソース研究センター統合情報開発室 |
| 生命科学 | ホメオスタシスインバランスプロセスオントロジー (HOIP) | Homeostasis Imbalance Process Ontology（HOIP）は、恒常性破綻の経過およびプロセスを体系化したオントロジーである。COVID-19感染コースと細胞老化を中心に、分子レベルの誘因から臓器障害・臨床症状に至る概念と論理関係を精緻に定義し、破綻機序の比較解析と計算推論を可能にする基盤を提供する。 | 2020/8/22 | バイオリソース研究センター統合情報開発室 |
| 生命科学 | マウス表現型公開データベース (Pheno-pub) | マウス表現型研究開発室では、ヒト疾患病態の理解と遺伝子機能の解明を目指して、遺伝子改変マウスを中心に表現型を網羅的に解析する「マウスクリニック」を実施しています。700以上の項目を体系的に検査することで遺伝子改変マウスに新たな表現型が見出され、新規ヒト疾患モデルとして再評価されることが期待できます。Pheno-pubではマウスクリニックで解析したデータを依頼者の了承を得て公開し、マウスリソースの整備および知的基盤整備に貢献しています。 | 2009/5/13 | バイオリソース研究センターマウス表現型研究開発室 |
| 生命科学 | モグプラス (MoG+) | MoG+は、理研BRCから提供される多様な実験用マウス系統、特に複数の野生由来系統や疾患モデル系統を対象に、ゲノム多型を可視化・比較可能なデータベースであり、疾患研究や機能解析に資する情報基盤である。多型情報には、公共データベースから入手したものも適宜取り込み、公開している。参照ゲノム配列の複数バージョンに対応しており、SNPやインデルに加え、構造多型の検索も可能である。これにより、ユーザーは遺伝子領域や調節領域をゲノム多型に考慮して高精度に解析できる。 | 2020/3/27 | バイオリソース研究センター統合情報開発室 |
| 生命科学 | Brain Atlas of Neurogenic Tagging Mouse Lines (NeuroGT database) | NeuroGTデータベース（Brain Atlas of Neurogenic Tagging Mouse Lines）は、マウス脳内の特定時期に生まれた神経細胞を可視化した画像データを収録したアトラスです。タモキシフェンを用いて特定の発生日（E9.5～E18.5）に神経細胞をタグ付けし、nls-βGALまたはmGFPで染色しています。神経発生期に応じたドライバーラインの選定に役立ちます。 | 2020/11/21 | 生命機能科学研究センター発生動態研究チーム |
| 生命科学 | Brain/MINDS Marmoset Connectivity Resource (BMCR) | BMCRは、前向性および逆向性の神経細胞トレーサーデータを利用できるリソースであり、現在はマーモセット脳の前頭前皮質への注入に限定されている。現在、Marmoset Gene AtlasのISH遺伝子発現画像データを用いてリソースを拡張し、マーモセット大脳皮質全体をカバーする前向性トレーサー注射のデータを統合している。後処理されたデータと、データの探索やレビューのためのツール、他のマーモセット脳画像データベースとの統合や異種間比較のためのツールで構成されている。共通の参照空間における異なる個体のデータを、これまでにない高解像度で可視化している。 | 2024/9/17 | 脳神経科学研究センター脳画像解析開発ユニット |
| 生命科学 | CBSデータ共有プラットフォーム (CBS Repository) | オープンな神経科学データの解析プラットフォームを実現し、理研CBSの各個人の研究領域を拡大することを目指しています。CBSデータ共有プラットフォーム（CBS-DSP）は、CBSの研究者がデータ駆動型のクロスモーダル神経科学を生み出し、刺激することを可能にする包括的なデータ収集を提供します。また、理研全体へのプラットフォーム展開も計画しており、CBSの研究者が神経科学にとどまらず、研究領域を広げることを期待しています。 | 2022/6/1 | 脳神経科学研究センター神経情報基盤開発ユニット |
| 生命科学 | CelLoc3D | CelLoc-3DはBSI-NIプロジェクトの支援を受けて大脳皮質回路可塑性研究チームで開発されたマウス大脳皮質一次視覚野2/3層の神経細胞に関する空間分布のデータベースです。グルタミン酸作動性の興奮性細胞、GABA（γアミノ酪酸）作動性の抑制性細胞とアストロサイトの三種類の細胞について、その空間分布をin vivo 2光子励起イメージング法によって取得、データベース化していますマウスの日齢、イメージング領域の大きさや、その中に含まれる細胞数などのパラメータを設定し、目的とするデータセットを容易に取得する事ができます。このサイトは、2019年度よりアーカイブサイトとして継続公開されています。 | 2014/12/26 | 脳神経科学研究センター神経情報基盤開発ユニット |
| 生命科学/環境科学 | 理研BRCバイオリソース横断検索システム (RBBX) | バイオリソース横断検索システム (RBRX) は，理研バイオリソース研究センター（BRC）のウェブサイト（https://web.brc.riken.jp/）上で、実験用マウス，実験用植物，細胞材料，遺伝子材料，および微生物材料のデータに対して横断的な検索を可能にするシステムです。バイオリソース名，遺伝子名のほか，疾患や表現型などオントロジー用語をキーワードとして使用することで，関連するバイオリソースを効率的に検索することができます．また、より詳しい条件で検索が可能なアドバンスド検索機能も提供しています。本システムは、バイオリソースメタデータベース (BRMD) をバックエンドのデータベースとして稼働しています。 | 2019/7/1 | バイオリソース研究センター統合情報開発室 |
| 生命科学 | 理研BRCマウス系統リソースカタログ | 理化学研究所バイオリソース研究センター実験動物開発室が収集・保存・品質管理・提供しているマウス系統に関する情報を公開しています。マウス系統の検索や、系統情報、ヘルスレポート、供与核酸情報、保存形態、提供に必要な書類、利用者の成果論文等の情報を閲覧できます。 | バイオリソース研究センター実験動物開発室 | |
| 生命科学 | 理研BRC細胞リソースカタログ | 理化学研究所細胞バンクが保有する細胞資源に関するデータです。データには、資源の種類、細胞名、細胞ID、説明、提供者、写真、関連論文などの詳細が含まれています。 | 2017 | バイオリソース研究センター細胞材料開発室 |
| 生命科学/環境科学 | 理研BRC遺伝子リソースカタログ | 理化学研究所バイオリソース研究センター遺伝子材料開発室が収集・保存・品質管理・提供している重要かつ有用な遺伝子材料（ヒト、動物、微生物およびウイルス由来のcDNAクローン等）に関する情報を公開しています。遺伝子材料の検索ができ、それらの全長塩基配列や付随する成果論文などの情報を閲覧できます。 | 2011/8/18 | バイオリソース研究センター遺伝子材料開発室 |
| 生命科学/環境科学 | 理研BRC実験植物リソースカタログ | 理化学研究所バイオリソース研究センター実験植物開発室が収集、維持・保存、提供しているバイオリソース（シロイヌナズナ野生株、シロイヌナズナ変異体種子、植物培養細胞、植物遺伝子クローン）に関する情報を公開しています。バイオリソースの検索や、系統情報および特性データの閲覧が可能です。 | 2017/10/31 | バイオリソース研究センター実験植物開発室 |
| 生命科学/環境科学 | 理研BRC植物培養細胞技術資料集 | 理化学研究所バイオリソース研究センター実験植物開発室から提供する植物培養細胞の取扱プロトコール（培地調製方法、継代方法）と関連技術プロトコール（遺伝型解析、形質転換、超低温保存など）を提供しています。品質情報として、遺伝型検査結果や維持履歴の参照が可能です。 | 2018/6/19 | バイオリソース研究センター実験植物開発室 |
| 生命科学 | FANTOM5 Web Resource (FANTOM5) | FANTOM5データセットは、ヒトおよびマウスの初代培養細胞、細胞株、組織、発生・分化・刺激後の時系列などのサンプルについて、遺伝子の転写開始点部位の活性を測定したおよそ3,000サンプルからなるデータセットであり、遺伝子のみならずプロモーターおよびエンハンサーの活性や、miRNAやlncRNAの発現情報が含まれます。 | 生命医科学研究センター生命医科学大容量技術研究チーム | |
| 生命科学 | FANTOM6 Web Resource (FANTOM6) | FANTOM6ではノンコーディングRNAの機能解析を目的に、いくつかの細胞種やその刺激課程においてノンコーディングRNAのノックダウン後の遺伝子発現プロファイルの取得・解析や、RNA-ゲノム間相互作用データの取得・解析を行い、そのデータや解析結果を公開しており、本ウェブリソースから入手することができます。 | 生命医科学研究センター生命医科学大容量技術研究チーム | |
| 生命科学/環境科学 | JCM オンラインカタログ | 微生物材料開発室では分類学の基準となる微生物や環境と健康の研究に資する微生物など、学術・研究上価値の高い微生物株を収集・保存し、これらの学名や分類、関連の論文発表などの学術情報、培養条件・培地組成など培養に関する情報等を利用者へ向けて公開しています。 | 1996～1997年頃 | バイオリソース研究センター微生物材料開発室 |
| 生命科学 | LEAVES (LEAVES) | Leaves は HOIP（Homeostasis Imbalance Process）オントロジーを基盤とする機序解釈支援システムです。細胞老化、COVID-19、薬物毒性などによる恒常性破綻を教科書や文献からアノテーションし、分子イベントから臓器障害・臨床症状までの因果連鎖を可視化・探索できます。研究者は多階層のメカニズムを直感的に追跡し、文献横断的に演繹推論で生成された仮説を活用できます。 | 2024/1/25 | バイオリソース研究センター統合情報開発室 |
| 環境科学/生命科学 | Proteomic profiling for classification of compounds (ChemProteoBase) | HeLa細胞に作用既知の薬剤処理した時のプロテオームの変化を解析したデータベースです。プロテオームの変化は２次元電気泳動をベースとしたプロテオーム解析法の2D-DIGEを用いてデータを取得しています。併せて主要タンパク質スポットの同定結果を示すスポットマップも掲載されています。薬剤の作用解析を行う上で重要な情報となることが期待されます。 | 2016年以前 | 環境資源科学研究センター化合物リソース開発研究ユニット |
| 生命科学/環境科学 | RIKEN LIPIDOMICS | マウスの主要組織やヒトのPlasma、主要細胞株、植物や藻類を対象にノンターゲットリピドミクスを行った結果が公開されています。また、分子量やCCSなどを基にした簡単なデータ表示や、MS/MSスペクトルから脂質構造のサーチなども行うことができます。 | 2020/11/25 | 生命医科学研究センター/環境資源科学研究センターメタボローム研究チーム/メタボローム情報研究チーム |
| 生命科学 | scPortalen2 (scPortalen2) | scPortalen2は、単一細胞RNAシーケンス（scRNA-seq）データの再利用・可視化を目的としたデータベースであり、ヒトおよびマウスの多様な公開一細胞データに関する注釈付きデータを提供しています。公開データを収集・再解析し、一貫性のあるパイプラインで処理することで、遺伝子発現プロファイルを比較可能としている。ユーザーはインタラクティブな検索や可視化ツールを用いて、特定の遺伝子や細胞群の解析を行うことも可能です。 | 2016 | 生命医科学研究センター生命医科学大容量技術研究チーム |
| 生命科学 | WDDD2 (WDDD2) | WDDD2は、線虫（C. elegans）初期胚における核分裂動態の定量データを収録したデータベースです。263の胚発生必須遺伝子それぞれをRNAiで個別に抑制し、4次元DIC顕微鏡と画像解析技術を用いて、野生型33胚およびRNAi処理胚1142個の核分裂データを取得しました。得られたデータから、統計解析により8660の再現性あるRNAi誘導表現型が特定され、初期胚発生に関与する24の機能的プロセスが示唆されました。WDDD2は、動物の発生メカニズムの解明に資する高品質なリソースです。 | 2020/2/7 | 生命機能科学研究センター発生動態研究チーム |
| 生命科学 | Worm Developmental Dynamics Database (WDDD) | 線虫の初期胚において、野生型と各胚発生必須遺伝子の機能をRNAiで阻害した場合の細胞分裂動態データを、4次元微分干渉顕微鏡（DIC）とコンピュータ画像処理を用いて収集しました。これは動物の発生過程を理解する上で重要な情報となります。 | 2012/5/18 | 生命機能科学研究センター発生動態研究チーム |
1.5 画像データ
| 領域 | 公開データベース名（略称） | 概要 | 公開日 | センター・本部等 |
|---|---|---|---|---|
| 生命科学 | Adult Zebrafish Brain Gene Expression Database (AZEBEX) | ゼブラフィッシュは、神経科学において有用なモデル生物です。本データベースでは、成魚の脳における遺伝子発現のin situ hybridizationデータを閲覧およびダウンロードすることができます。各遺伝子につき、3～5匹の魚をサンプリングいたしました。サンプリングした脳はPFAで固定後、パラフィン包埋を行い、全脳の連続切片を作製しました。ゼブラフィッシュの全脳は1枚のスライドグラスに載せることが可能です。 in situ hybridizationによって遺伝子発現をマッピングした後、NanoZoomer HTスライドスキャナー（浜松ホトニクス）を用いてスキャンを行いました。このデータは、ゼブラフィッシュを用いた神経科学研究の基盤となるものです。 | 2023/3/27 | 脳神経科学研究センター/生命機能科学研究センターシステム分子行動学研究チーム/発生動態研究チーム |
| 生命科学 | ニューロイメージプラットフォーム (NIMG-PF) | ニューロイメージングプラットフォーム (NIMG-PF) は脳機能イメージング関連情報を収集しています。発表論文、実験データ、計測・解析手法の情報だけでなく、特に初学者向けに脳研究を紹介するチュートリアルコースも提供しています。また、上級研究者向けには、脳活動領域に基づいた独自の論文参照機能を備えています。本サイトは、INCF日本ノードの活動終了に伴い、2019年度よりアーカイブサイトとして継続公開されています。 | 2006 | 脳神経科学研究センター神経情報基盤開発ユニット |
| 生命科学 | マウス表現型公開データベース (Pheno-pub) | マウス表現型研究開発室では、ヒト疾患病態の理解と遺伝子機能の解明を目指して、遺伝子改変マウスを中心に表現型を網羅的に解析する「マウスクリニック」を実施しています。700以上の項目を体系的に検査することで遺伝子改変マウスに新たな表現型が見出され、新規ヒト疾患モデルとして再評価されることが期待できます。Pheno-pubではマウスクリニックで解析したデータを依頼者の了承を得て公開し、マウスリソースの整備および知的基盤整備に貢献しています。 | 2009/5/13 | バイオリソース研究センターマウス表現型研究開発室 |
| 生命科学 | Brain Atlas of Neurogenic Tagging Mouse Lines (NeuroGT database) | NeuroGTデータベース（Brain Atlas of Neurogenic Tagging Mouse Lines）は、マウス脳内の特定時期に生まれた神経細胞を可視化した画像データを収録したアトラスです。タモキシフェンを用いて特定の発生日（E9.5～E18.5）に神経細胞をタグ付けし、nls-βGALまたはmGFPで染色しています。神経発生期に応じたドライバーラインの選定に役立ちます。 | 2020/11/21 | 生命機能科学研究センター発生動態研究チーム |
| 生命科学 | Brain/MINDS Marmoset Connectivity Resource (BMCR) | BMCRは、前向性および逆向性の神経細胞トレーサーデータを利用できるリソースであり、現在はマーモセット脳の前頭前皮質への注入に限定されている。現在、Marmoset Gene AtlasのISH遺伝子発現画像データを用いてリソースを拡張し、マーモセット大脳皮質全体をカバーする前向性トレーサー注射のデータを統合している。後処理されたデータと、データの探索やレビューのためのツール、他のマーモセット脳画像データベースとの統合や異種間比較のためのツールで構成されている。共通の参照空間における異なる個体のデータを、これまでにない高解像度で可視化している。 | 2024/9/17 | 脳神経科学研究センター脳画像解析開発ユニット |
| 生命科学 | CBSデータ共有プラットフォーム (CBS Repository) | オープンな神経科学データの解析プラットフォームを実現し、理研CBSの各個人の研究領域を拡大することを目指しています。CBSデータ共有プラットフォーム（CBS-DSP）は、CBSの研究者がデータ駆動型のクロスモーダル神経科学を生み出し、刺激することを可能にする包括的なデータ収集を提供します。また、理研全体へのプラットフォーム展開も計画しており、CBSの研究者が神経科学にとどまらず、研究領域を広げることを期待しています。 | 2022/6/1 | 脳神経科学研究センター神経情報基盤開発ユニット |
| 生命科学 | CelLoc3D | CelLoc-3DはBSI-NIプロジェクトの支援を受けて大脳皮質回路可塑性研究チームで開発されたマウス大脳皮質一次視覚野2/3層の神経細胞に関する空間分布のデータベースです。グルタミン酸作動性の興奮性細胞、GABA（γアミノ酪酸）作動性の抑制性細胞とアストロサイトの三種類の細胞について、その空間分布をin vivo 2光子励起イメージング法によって取得、データベース化していますマウスの日齢、イメージング領域の大きさや、その中に含まれる細胞数などのパラメータを設定し、目的とするデータセットを容易に取得する事ができます。このサイトは、2019年度よりアーカイブサイトとして継続公開されています。 | 2014/12/26 | 脳神経科学研究センター神経情報基盤開発ユニット |
| 生命科学 | 無脊椎動物脳プラットフォーム (IVB-PF) | 本プラットフォームでは、無脊椎動物を中心とし各種動物の感覚・脳・行動に関するデータベースを直接利用できるとともに、感覚・脳・行動に関する解説を行っています。データベースと解説内容の連携により、実際の研究データを参照しながら内容を理解できるように工夫されています。動物を神経科学の立場から活用されたい方、機能を工学的に応用されたい方、あるいは動物の感覚・脳・行動について知りたい方、また、具体的にデータや実験を踏まえて教育に活用されたい方が利用しやすいよう、それぞれの立場から利用できる４つの入り口を設けています。本サイトは、2019年度よりアーカイブサイトとして継続公開されています。 | 2006 | 脳神経科学研究センター神経情報基盤開発ユニット |
| 生命科学 | 理研BRCマウス系統リソースカタログ | 理化学研究所バイオリソース研究センター実験動物開発室が収集・保存・品質管理・提供しているマウス系統に関する情報を公開しています。マウス系統の検索や、系統情報、ヘルスレポート、供与核酸情報、保存形態、提供に必要な書類、利用者の成果論文等の情報を閲覧できます。 | バイオリソース研究センター実験動物開発室 | |
| 生命科学 | 理研BRC細胞リソースカタログ | 理化学研究所細胞バンクが保有する細胞資源に関するデータです。データには、資源の種類、細胞名、細胞ID、説明、提供者、写真、関連論文などの詳細が含まれています。 | 2017 | バイオリソース研究センター細胞材料開発室 |
| 生命科学/環境科学 | 理研BRC実験植物リソースカタログ | 理化学研究所バイオリソース研究センター実験植物開発室が収集、維持・保存、提供しているバイオリソース（シロイヌナズナ野生株、シロイヌナズナ変異体種子、植物培養細胞、植物遺伝子クローン）に関する情報を公開しています。バイオリソースの検索や、系統情報および特性データの閲覧が可能です。 | 2017/10/31 | バイオリソース研究センター実験植物開発室 |
| 環境科学/生命科学 | 電子顕微鏡アトラス (EM ATLAS) | 光学顕微鏡により細胞や分子の動態が可視化されるようになりましたが、超微細構造の詳細な観察には電子顕微鏡が不可欠です。我々は広域TEM像自動取得システムを開発し、植物組織などのギガピクセル級のTEM像を作成しました。現在では広域撮像がTEMに標準搭載され、さらにSEMによる広域・高分解観察も可能となっています。「電顕アトラス」では、これらの高解像度像をGoogleマップのように自由に閲覧でき、組織の微細構造を直感的に理解できます。 | 2014/4/1 | 環境資源科学研究センター技術基盤部門 質量分析・顕微鏡解析ユニット |
| 生命科学 | 霊長類脳MRI画像データベース (NHPNNP) | 非ヒト霊長類(マカクザル、マーモセット、ヨザル)の脳構造・機能・拡散MRIデータ。各種フォーマット(NIFTI, CIFTI, GIFTI）の解析前後のデータおよび個体情報など、また多数例から作成した標準脳テンプレート・アトラスデータなどを公開することで、多くの研究者が同じ標準脳アトラス・テンプレート上でデータを集約し脳の機能・構造・分子・細胞発現の情報を蓄積するうえで重要な情報となります。 ※2026年公開予定 | 生命機能科学研究センター脳コネクトミクスイメージング研究チーム | |
| 生命科学 | 革新脳データポータル | 革新脳データポータルは、革新脳プロジェクトで作成されたオリジナルデータを共有し、共同研究を促進するポータルサイトです。世界中の研究者が構造および遺伝子発現データにアクセスできるよう作成されたコモンマーモセットの最大の神経画像データベースであり、オンラインポータル上のすべてのデータはマーモセット標準脳アトラスにマッピングされているため、異なるモダリティに属するデータの相互参照は容易にします。また、疾患モデルマーモセットの異常を検出するためのコントロールデータを提供しており、他のデータベースと統合して種を越えた比較が可能となっています。 | 2017/3/21 | 脳神経科学研究センター神経情報基盤開発ユニット |
| 生命科学/環境科学 | JCM オンラインカタログ | 微生物材料開発室では分類学の基準となる微生物や環境と健康の研究に資する微生物など、学術・研究上価値の高い微生物株を収集・保存し、これらの学名や分類、関連の論文発表などの学術情報、培養条件・培地組成など培養に関する情報等を利用者へ向けて公開しています。 | 1996～1997年頃 | バイオリソース研究センター微生物材料開発室 |
| 生命科学 | Marmoset Gene Atlas (MGA) | 我々の目標は、コモンマーモセット（Callithrix jacchus）の脳全体の遺伝子発現のゲノムワイドで高解像度のアトラスを確立することである。私たちは、in situハイブリダイゼーション（ISH）解析を用いて、生後の脳の発達から成体までの過程における遺伝子発現の変化を系統的に解析する。これらのデータから、霊長類特有の脳の構造、機能、結合性を明らかにするツールを開発するのに十分な情報が得られると期待しています。 | 2017/10/27 | 脳神経科学研究センター脳発達分子メカニズム研究チーム |
| 生命科学 | SSBD (SSBD) | SSBDは、バイオイメージングデータの共有と再利用を促進するためのプラットフォームです。SSBD:repositoryは、原著論文で公開された生命科学の画像データや、画像解析および計算機シミュレーションを通じて得られた生命動態の定量データを収集・共有するリポジトリです。一方、SSBD:databaseは、生命動態に関する付加価値付きデータベース（added-value database）であり、最先端の顕微鏡技術で取得された高品質な画像データ、それらに基づく画像解析結果やシミュレーションによる定量データ、さらにそれらの解析に用いるツール類を体系的に集約・公開しています。 | 2013/9/2 | 生命機能科学研究センター発生動態研究チーム |
| 生命科学 | Visiomeプラットフォーム (VP) | 視覚系脳機能を総合的に理解するために、電気生理、分子生物、オプティカルイメージング、脳イメージング、心理など様々な分野の研究成果を統合し、広く共有することを目指しています。 このサイトは2019年度よりアーカイブサイトとして継続公開されています。 | 2002 | 脳神経科学研究センター神経情報基盤開発ユニット |
| 生命科学 | WDDD2 (WDDD2) | WDDD2は、線虫（C. elegans）初期胚における核分裂動態の定量データを収録したデータベースです。263の胚発生必須遺伝子それぞれをRNAiで個別に抑制し、4次元DIC顕微鏡と画像解析技術を用いて、野生型33胚およびRNAi処理胚1142個の核分裂データを取得しました。得られたデータから、統計解析により8660の再現性あるRNAi誘導表現型が特定され、初期胚発生に関与する24の機能的プロセスが示唆されました。WDDD2は、動物の発生メカニズムの解明に資する高品質なリソースです。 | 2020/2/7 | 生命機能科学研究センター発生動態研究チーム |
| 生命科学 | Worm Developmental Dynamics Database (WDDD) | 線虫の初期胚において、野生型と各胚発生必須遺伝子の機能をRNAiで阻害した場合の細胞分裂動態データを、4次元微分干渉顕微鏡（DIC）とコンピュータ画像処理を用いて収集しました。これは動物の発生過程を理解する上で重要な情報となります。 | 2012/5/18 | 生命機能科学研究センター発生動態研究チーム |
1.6 その他（論文、用語、ツール、モデル等）
| 領域 | 公開データベース名（略称） | 概要 | 公開日 | センター・本部等 |
|---|---|---|---|---|
| 生命科学 | オープンニューロリポジトリ | OpenNeuroは実験科学から計算論まで神経科学分野の一般研究者の研究データを公開して広く共有するためのリポジトリです。2018年夏にサービスを開始し、データの公開によって神経科学の発展を促進することを目的とするものです。取り扱うデータは査読つきの学術誌や学会予稿で公開されている論文・アブストラクトに付随する研究データであり、次のような研究データの種類を推奨します。画像イメージや時系列データの全セット、視聴覚データ、計算論モデル。本サイトはINCF日本ノードの活動終了に伴い、2019年度よりアーカイブサイトとして継続公開されています。 | 2018/8/8 | 脳神経科学研究センター神経情報基盤開発ユニット |
| 生命科学 | ダイナミックブレインプラットフォーム (DB-PF) | 脳の動的原理を解明することを目的として、細胞、局所回路、脳全域、行動などの様々なレベルでの実験的計算論的アプローチの統合的な研究を推進します。これらの研究から生命の自律性と情報創成の原理を捉え、さらに自然や人間社会の複雑性の理解を進めることを目指します。本サイトは、INCF日本ノードの活動終了に伴い、2019年度よりアーカイブサイトとして継続公開されています。 | 2009 | 脳神経科学研究センター神経情報基盤開発ユニット |
| 生命科学 | ニューロイメージプラットフォーム (NIMG-PF) | ニューロイメージングプラットフォーム (NIMG-PF) は脳機能イメージング関連情報を収集しています。発表論文、実験データ、計測・解析手法の情報だけでなく、特に初学者向けに脳研究を紹介するチュートリアルコースも提供しています。また、上級研究者向けには、脳活動領域に基づいた独自の論文参照機能を備えています。本サイトは、INCF日本ノードの活動終了に伴い、2019年度よりアーカイブサイトとして継続公開されています。 | 2006 | 脳神経科学研究センター神経情報基盤開発ユニット |
| 生命科学/環境科学 | バイオリソースメタデータベース (BRMD) | バイオリソースメタデータベース (BRMD) は，理研バイオリソース研究センター（BRC）が提供するバイオリソース（実験用マウス，実験用植物，細胞材料，遺伝子材料，および微生物材料）のメタデータ情報を格納するデータレポジトリです．バイオリソースの基本情報、表現型および疾患等のオントロジー、遺伝子間のオルソログ（相同性）情報などが統合されています。メタデータの世界標準技術であるセマンティックウエブやResource Description Framework (RDF) に基づいてデータを公開しています．ユーザーは，検索言語であるSPARQLを使用して，すべてのデータを検索しダウンロードできます． 本データベースは、BRCにおける各リソースのオンラインカタログと連携しています。 | 2019/12/24 | バイオリソース研究センター統合情報開発室 |
| 生命科学 | ホメオスタシスインバランスプロセスオントロジー (HOIP) | Homeostasis Imbalance Process Ontology（HOIP）は、恒常性破綻の経過およびプロセスを体系化したオントロジーである。COVID-19感染コースと細胞老化を中心に、分子レベルの誘因から臓器障害・臨床症状に至る概念と論理関係を精緻に定義し、破綻機序の比較解析と計算推論を可能にする基盤を提供する。 | 2020/8/22 | バイオリソース研究センター統合情報開発室 |
| 生命科学 | BMIプラットフォーム (BMI-PF) | ブレイン・マシンインタフェースに関する実験データ・数理モデル・研究ツールなどを、神経科学・計算理論・ロボティクスの各分野から集約して、広く共有することを目指しています。本プラットフォームは、以下の5つのデータベースから構成されています。1)BMI関連論文データベース、2)オリジナルコンテンツデータベース、3)BMI関連研究サイトデータベース、4)BMI関連資料データベース、5)BMI関連日本語コラム。本プラットフォームは2016年度にてプロジェクトを終了しました。2019年度よりアーカイブサイトとして継続公開されています。 | 2005 | 脳神経科学研究センター神経情報基盤開発ユニット |
| 生命科学 | Brain Atlas | このサイトでは BSI-NIプロジェクトの支援を受けて、象徴概念発達研究チームで開発された デグー3次元脳アトラス、マーモセット3次元脳アトラス、マーモセット標準脳 の３つのデータベースを公開しています。このサイトは、2019年度よりアーカイブサイトとして継続公開されています。 | 2012 | 脳神経科学研究センター神経情報基盤開発ユニット |
| 生命科学 | Brain/MINDS Marmoset Connectivity Resource (BMCR) | BMCRは、前向性および逆向性の神経細胞トレーサーデータを利用できるリソースであり、現在はマーモセット脳の前頭前皮質への注入に限定されている。現在、Marmoset Gene AtlasのISH遺伝子発現画像データを用いてリソースを拡張し、マーモセット大脳皮質全体をカバーする前向性トレーサー注射のデータを統合している。後処理されたデータと、データの探索やレビューのためのツール、他のマーモセット脳画像データベースとの統合や異種間比較のためのツールで構成されている。共通の参照空間における異なる個体のデータを、これまでにない高解像度で可視化している。 | 2024/9/17 | 脳神経科学研究センター脳画像解析開発ユニット |
| 生命科学 | BSI ニューロインフォマティクス (BSI-NI) | BSI ニューロインフォマティクス（BSI-NI）は理化学研究所脳科学総合研究センターの研究成果を公開するプロジェクトとして2007年に発足しました。BSI-NIプロジェクト（2007年度～2017年度）で理研BSIの各研究室が作成したデータベースやツールは、本サイトから利用することができます。脳研究のさらなる発展にお役立てください。2018年4月より理化学研究所 脳神経科学研究センターに引き継がれ、2019年度よりアーカイブサイトとして継続公開されています。 | 2011/9/5 | 脳神経科学研究センター神経情報基盤開発ユニット |
| 生命科学 | CBSデータ共有プラットフォーム (CBS Repository) | オープンな神経科学データの解析プラットフォームを実現し、理研CBSの各個人の研究領域を拡大することを目指しています。CBSデータ共有プラットフォーム（CBS-DSP）は、CBSの研究者がデータ駆動型のクロスモーダル神経科学を生み出し、刺激することを可能にする包括的なデータ収集を提供します。また、理研全体へのプラットフォーム展開も計画しており、CBSの研究者が神経科学にとどまらず、研究領域を広げることを期待しています。 | 2022/6/1 | 脳神経科学研究センター神経情報基盤開発ユニット |
| 生命科学 | 無脊椎動物脳プラットフォーム (IVB-PF) | 本プラットフォームでは、無脊椎動物を中心とし各種動物の感覚・脳・行動に関するデータベースを直接利用できるとともに、感覚・脳・行動に関する解説を行っています。データベースと解説内容の連携により、実際の研究データを参照しながら内容を理解できるように工夫されています。動物を神経科学の立場から活用されたい方、機能を工学的に応用されたい方、あるいは動物の感覚・脳・行動について知りたい方、また、具体的にデータや実験を踏まえて教育に活用されたい方が利用しやすいよう、それぞれの立場から利用できる４つの入り口を設けています。本サイトは、2019年度よりアーカイブサイトとして継続公開されています。 | 2006 | 脳神経科学研究センター神経情報基盤開発ユニット |
| 生命科学 | 理研BRCマウス系統リソースカタログ | 理化学研究所バイオリソース研究センター実験動物開発室が収集・保存・品質管理・提供しているマウス系統に関する情報を公開しています。マウス系統の検索や、系統情報、ヘルスレポート、供与核酸情報、保存形態、提供に必要な書類、利用者の成果論文等の情報を閲覧できます。 | バイオリソース研究センター実験動物開発室 | |
| 生命科学 | 理研BRC細胞リソースカタログ | 理化学研究所細胞バンクが保有する細胞資源に関するデータです。データには、資源の種類、細胞名、細胞ID、説明、提供者、写真、関連論文などの詳細が含まれています。 | 2017 | バイオリソース研究センター細胞材料開発室 |
| 生命科学/環境科学 | 理研BRC遺伝子リソースカタログ | 理化学研究所バイオリソース研究センター遺伝子材料開発室が収集・保存・品質管理・提供している重要かつ有用な遺伝子材料（ヒト、動物、微生物およびウイルス由来のcDNAクローン等）に関する情報を公開しています。遺伝子材料の検索ができ、それらの全長塩基配列や付随する成果論文などの情報を閲覧できます。 | 2011/8/18 | バイオリソース研究センター遺伝子材料開発室 |
| 生命科学/環境科学 | 理研BRC実験植物リソースカタログ | 理化学研究所バイオリソース研究センター実験植物開発室が収集、維持・保存、提供しているバイオリソース（シロイヌナズナ野生株、シロイヌナズナ変異体種子、植物培養細胞、植物遺伝子クローン）に関する情報を公開しています。バイオリソースの検索や、系統情報および特性データの閲覧が可能です。 | 2017/10/31 | バイオリソース研究センター実験植物開発室 |
| 生命科学/環境科学 | 理研BRC植物培養細胞技術資料集 | 理化学研究所バイオリソース研究センター実験植物開発室から提供する植物培養細胞の取扱プロトコール（培地調製方法、継代方法）と関連技術プロトコール（遺伝型解析、形質転換、超低温保存など）を提供しています。品質情報として、遺伝型検査結果や維持履歴の参照が可能です。 | 2018/6/19 | バイオリソース研究センター実験植物開発室 |
| 生命科学 | 脳科学辞典 (BSD) | 脳科学辞典は、脳科学分野の約1,000個の用語を解説し、無償で公開するサイトである。利用者としては脳科学分野で研究活動を行っている、または行おうとしている学生と研究者を主に想定している。ウィキペディアに似たスタイルだが査読を経て招待された著者によってのみ執筆されており信頼性の高い解説内容を提供している。このサイトの運営は理化学研究所脳神経科学研究センターの支援のもと、日本神経科学学会の公式活動として、林康紀氏（京都大学大学院医学研究科）を委員長とする編集委員会によって運営され、研究者主導の非営利の普及啓発活動である。 | 2011/6/7 | 脳神経科学研究センター神経情報基盤開発ユニット |
| 生命科学/環境科学 | JCM オンラインカタログ | 微生物材料開発室では分類学の基準となる微生物や環境と健康の研究に資する微生物など、学術・研究上価値の高い微生物株を収集・保存し、これらの学名や分類、関連の論文発表などの学術情報、培養条件・培地組成など培養に関する情報等を利用者へ向けて公開しています。 | 1996～1997年頃 | バイオリソース研究センター微生物材料開発室 |
| 生命科学 | LEAVES (LEAVES) | Leaves は HOIP（Homeostasis Imbalance Process）オントロジーを基盤とする機序解釈支援システムです。細胞老化、COVID-19、薬物毒性などによる恒常性破綻を教科書や文献からアノテーションし、分子イベントから臓器障害・臨床症状までの因果連鎖を可視化・探索できます。研究者は多階層のメカニズムを直感的に追跡し、文献横断的に演繹推論で生成された仮説を活用できます。 | 2024/1/25 | バイオリソース研究センター統合情報開発室 |
| 生命科学 | Pupil Platform | このプラットフォームは、ニューロインフォマティクス技術研究チームによって2007年にプラットフォーム基盤システムXooNIpsの実用化の一つとして開発されました。このプラットフォームでは瞳孔に関する研究を促進するために、次の4つのデータセットを収集・公開しています。1)文献情報、2)数理モデル、3)実験データ、4)学会情報。このサイトは、2019年度よりアーカイブサイトとして継続公開されています。 | 2007 | 脳神経科学研究センター神経情報基盤開発ユニット |
| 生命科学 | SSBD (SSBD) | SSBDは、バイオイメージングデータの共有と再利用を促進するためのプラットフォームです。SSBD:repositoryは、原著論文で公開された生命科学の画像データや、画像解析および計算機シミュレーションを通じて得られた生命動態の定量データを収集・共有するリポジトリです。一方、SSBD:databaseは、生命動態に関する付加価値付きデータベース（added-value database）であり、最先端の顕微鏡技術で取得された高品質な画像データ、それらに基づく画像解析結果やシミュレーションによる定量データ、さらにそれらの解析に用いるツール類を体系的に集約・公開しています。 | 2013/9/2 | 生命機能科学研究センター発生動態研究チーム |
| 生命科学 | SSBD Ontology (SSBD Ontology) | SSBD オントロジーは FAIR 原則に基づき、バイオイメージングのメタデータ記述に必要な語彙を提供することを目的としています。書誌情報、著者情報、イメージング技術、バイオサンプルなどを OWL-DL 言語で記述し、生物学的語彙には OBO Foundry 系（ChEBI、CL、CLO、UBERON、GO、FBbi、OBI、IAO）を再利用して相互運用性を高め、多層横断的な高付加価値アノテーションを実現します。各データセットは インスタンス化され、大容量画像アクセスに対応し、データ共有と再利用を促進して国際バイオイメージング・エコシステムを支えます。 | 2025/5/8 | 生命機能科学研究センター発生動態研究チーム |
| 生命科学 | Visiomeプラットフォーム (VP) | 視覚系脳機能を総合的に理解するために、電気生理、分子生物、オプティカルイメージング、脳イメージング、心理など様々な分野の研究成果を統合し、広く共有することを目指しています。 このサイトは2019年度よりアーカイブサイトとして継続公開されています。 | 2002 | 脳神経科学研究センター神経情報基盤開発ユニット |
| 生命科学 | 包括脳プラットフォーム (CBSN-PF) | 本プラットフォームは、次のデータベースから構成されています。1) 包括脳支援データベース：新学術領域「包括型脳研究推進支援ネットワーク」において支援を行う研究者が情報を公開するとともに支援を受けた研究者もその成果の情報を公開します。2) 神経科学者SNS：神経科学・脳科学の研究者の情報交換・コミュニケーションの促進を目的としたSNSです。3) マウス表現型データベース：各種の遺伝子改変マウスの網羅的行動解析によって取得された個々のマウスの生データが登録されています。本プラットフォームは2016年度にてプロジェクトを終了しました。2019年度よりアーカイブサイトとして継続公開されています。 | 2010 | 脳神経科学研究センター神経情報基盤開発ユニット |
| 生命科学 | 小脳プラットフォーム (Cerebellar-PF) | 小脳プラットフォームでは小脳研究のためのデジタル研究アーカイブを公開しています。利用可能なリソースとして、現代の小脳研究のミニレビュー、論文リストおよび小脳活動の数理モデルを揃えた小脳研究のための統合データベースです。コンテンツはインデックスツリーやデータの種類（モデル、論文、画像など）で検索・閲覧することができます。本サイトは、INCF日本ノードの活動終了に伴い、2019年度よりアーカイブサイトとして継続公開されています。 | 2006 | 脳神経科学研究センター神経情報基盤開発ユニット |
1.7 ポータル
| 領域 | 公開データベース名（略称） | 概要 | 公開日 | センター・本部等 |
|---|---|---|---|---|
| 生命科学 | ダイナミックブレインプラットフォーム (DB-PF) | 脳の動的原理を解明することを目的として、細胞、局所回路、脳全域、行動などの様々なレベルでの実験的計算論的アプローチの統合的な研究を推進します。これらの研究から生命の自律性と情報創成の原理を捉え、さらに自然や人間社会の複雑性の理解を進めることを目指します。本サイトは、INCF日本ノードの活動終了に伴い、2019年度よりアーカイブサイトとして継続公開されています。 | 2009 | 脳神経科学研究センター神経情報基盤開発ユニット |
| 生命科学 | ニューロイメージプラットフォーム (NIMG-PF) | ニューロイメージングプラットフォーム (NIMG-PF) は脳機能イメージング関連情報を収集しています。発表論文、実験データ、計測・解析手法の情報だけでなく、特に初学者向けに脳研究を紹介するチュートリアルコースも提供しています。また、上級研究者向けには、脳活動領域に基づいた独自の論文参照機能を備えています。本サイトは、INCF日本ノードの活動終了に伴い、2019年度よりアーカイブサイトとして継続公開されています。 | 2006 | 脳神経科学研究センター神経情報基盤開発ユニット |
| 生命科学 | BMIプラットフォーム (BMI-PF) | ブレイン・マシンインタフェースに関する実験データ・数理モデル・研究ツールなどを、神経科学・計算理論・ロボティクスの各分野から集約して、広く共有することを目指しています。本プラットフォームは、以下の5つのデータベースから構成されています。1)BMI関連論文データベース、2)オリジナルコンテンツデータベース、3)BMI関連研究サイトデータベース、4)BMI関連資料データベース、5)BMI関連日本語コラム。本プラットフォームは2016年度にてプロジェクトを終了しました。2019年度よりアーカイブサイトとして継続公開されています。 | 2005 | 脳神経科学研究センター神経情報基盤開発ユニット |
| 生命科学 | BSI ニューロインフォマティクス (BSI-NI) | BSI ニューロインフォマティクス（BSI-NI）は理化学研究所脳科学総合研究センターの研究成果を公開するプロジェクトとして2007年に発足しました。BSI-NIプロジェクト（2007年度～2017年度）で理研BSIの各研究室が作成したデータベースやツールは、本サイトから利用することができます。脳研究のさらなる発展にお役立てください。2018年4月より理化学研究所 脳神経科学研究センターに引き継がれ、2019年度よりアーカイブサイトとして継続公開されています。 | 2011/9/5 | 脳神経科学研究センター神経情報基盤開発ユニット |
| 生命科学 | CBSデータ共有プラットフォーム (CBS Repository) | オープンな神経科学データの解析プラットフォームを実現し、理研CBSの各個人の研究領域を拡大することを目指しています。CBSデータ共有プラットフォーム（CBS-DSP）は、CBSの研究者がデータ駆動型のクロスモーダル神経科学を生み出し、刺激することを可能にする包括的なデータ収集を提供します。また、理研全体へのプラットフォーム展開も計画しており、CBSの研究者が神経科学にとどまらず、研究領域を広げることを期待しています。 | 2022/6/1 | 脳神経科学研究センター神経情報基盤開発ユニット |
| 生命科学 | 無脊椎動物脳プラットフォーム (IVB-PF) | 本プラットフォームでは、無脊椎動物を中心とし各種動物の感覚・脳・行動に関するデータベースを直接利用できるとともに、感覚・脳・行動に関する解説を行っています。データベースと解説内容の連携により、実際の研究データを参照しながら内容を理解できるように工夫されています。動物を神経科学の立場から活用されたい方、機能を工学的に応用されたい方、あるいは動物の感覚・脳・行動について知りたい方、また、具体的にデータや実験を踏まえて教育に活用されたい方が利用しやすいよう、それぞれの立場から利用できる４つの入り口を設けています。本サイトは、2019年度よりアーカイブサイトとして継続公開されています。 | 2006 | 脳神経科学研究センター神経情報基盤開発ユニット |
| 生命科学 | 理研オープンサイエンスポータル | 理化学研究所は、日本で唯一自然科学の総合研究所として、自然科学全般の広い分野で研究を進めています。研究成果を社会に普及させるため、大学や企業との共同研究、知的財産権等の産業界への技術移転とともに、オープンサイエンス実現にも取り組んでいます。研究データの利活用最大化を実現するICT戦略の下で、研究データ管理基盤の運用、データ駆動型研究プロジェクトの推進、研究データの戦略的な公開などを進めていますが、これらのオープンサイエンスの活動や関連情報をこのポータルサイトから発信します。 | 2021/3/26 | 情報統合本部データ知識化開発ユニット |
| 生命科学 | 理研オープンライフサイエンスプラットフォーム | 生命科学のプラットフォームとして活躍する理研の主なデータベースの概要の紹介と代表的なデータへのリンクを提供しています。理研オープンライフサイエンスプラットフォームは、分子から個体レベルに及ぶ多階層かつ異なる測定法によるマルチモーダルなデータを集積・統合し、データ主導的に細胞や個体の状態の精緻な予測や操作を可能にする、オープンビッグデータ時代の解析基盤（プラットフォーム）を目指します。 | 2025/10/3 | 情報統合本部生命科学データ共有開発ユニット |
| 生命科学 | 理研メタデータベース | 理研メタデータベースは、理研の成果をより広く研究者の方に活用していただくことを目的に、理研の研究者が公開するデータベースのメタデータを体系的に整理して公開するサービスです。 本データベースでは、メタデータの世界標準技術であるセマンティックウエブやResource Description Framework(RDF)と呼ぶ枠組みに基づいて生命科学系データを公開しています。 | 2015/4/1 | 情報統合本部データ知識化開発ユニット |
| 生命科学 | 革新脳データポータル | 革新脳データポータルは、革新脳プロジェクトで作成されたオリジナルデータを共有し、共同研究を促進するポータルサイトです。世界中の研究者が構造および遺伝子発現データにアクセスできるよう作成されたコモンマーモセットの最大の神経画像データベースであり、オンラインポータル上のすべてのデータはマーモセット標準脳アトラスにマッピングされているため、異なるモダリティに属するデータの相互参照は容易にします。また、疾患モデルマーモセットの異常を検出するためのコントロールデータを提供しており、他のデータベースと統合して種を越えた比較が可能となっています。 | 2017/3/21 | 脳神経科学研究センター神経情報基盤開発ユニット |
| 生命科学 | INCF 日本ノードポータル | IINCF日本ノードは、2005年に理研BSI神経情報基盤センター（NIJC）を事務局として発足した。 主な活動として、国内ニューロインフォマティクス研究の方向性・取り組み重点の提言、知的所有権及び実験対象の保護に関する提言、脳科学に関するデータベースの構築・運用、データベース管理者による管理を調整、データベースやニューロインフォマティクス情報を提供するポータルサイトの運用、脳科学研究の情報・ニューロインフォマティクス情報の流通基盤の整備、ニューロインフォマティクス技術の開発支援・普及を推進に取り組んできました。活動は2019年3月で終了となり、本サイトは以後アーカイブ化され公開を継続しています。 | 2005 | 脳神経科学研究センター神経情報基盤開発ユニット |
| 生命科学 | SSBD (SSBD) | SSBDは、バイオイメージングデータの共有と再利用を促進するためのプラットフォームです。SSBD:repositoryは、原著論文で公開された生命科学の画像データや、画像解析および計算機シミュレーションを通じて得られた生命動態の定量データを収集・共有するリポジトリです。一方、SSBD:databaseは、生命動態に関する付加価値付きデータベース（added-value database）であり、最先端の顕微鏡技術で取得された高品質な画像データ、それらに基づく画像解析結果やシミュレーションによる定量データ、さらにそれらの解析に用いるツール類を体系的に集約・公開しています。 | 2013/9/2 | 生命機能科学研究センター発生動態研究チーム |
| 生命科学 | Visiomeプラットフォーム (VP) | 視覚系脳機能を総合的に理解するために、電気生理、分子生物、オプティカルイメージング、脳イメージング、心理など様々な分野の研究成果を統合し、広く共有することを目指しています。 このサイトは2019年度よりアーカイブサイトとして継続公開されています。 | 2002 | 脳神経科学研究センター神経情報基盤開発ユニット |
| 生命科学 | 包括脳プラットフォーム (CBSN-PF) | 本プラットフォームは、次のデータベースから構成されています。1) 包括脳支援データベース：新学術領域「包括型脳研究推進支援ネットワーク」において支援を行う研究者が情報を公開するとともに支援を受けた研究者もその成果の情報を公開します。2) 神経科学者SNS：神経科学・脳科学の研究者の情報交換・コミュニケーションの促進を目的としたSNSです。3) マウス表現型データベース：各種の遺伝子改変マウスの網羅的行動解析によって取得された個々のマウスの生データが登録されています。本プラットフォームは2016年度にてプロジェクトを終了しました。2019年度よりアーカイブサイトとして継続公開されています。 | 2010 | 脳神経科学研究センター神経情報基盤開発ユニット |
| 生命科学 | 小脳プラットフォーム (Cerebellar-PF) | 小脳プラットフォームでは小脳研究のためのデジタル研究アーカイブを公開しています。利用可能なリソースとして、現代の小脳研究のミニレビュー、論文リストおよび小脳活動の数理モデルを揃えた小脳研究のための統合データベースです。コンテンツはインデックスツリーやデータの種類（モデル、論文、画像など）で検索・閲覧することができます。本サイトは、INCF日本ノードの活動終了に伴い、2019年度よりアーカイブサイトとして継続公開されています。 | 2006 | 脳神経科学研究センター神経情報基盤開発ユニット |
2 物理科学分野
| 領域 | 公開データベース名（略称） | 概要 | 公開日 | センター・本部等 |
|---|---|---|---|---|
| 物理科学 | ミューオン核データ (µND) | ミューオン核データは、ミューオンの核反応に関する公開論文の情報を収集・評価し、評価済み核データとして公開しています。本データベースは、ミューオン原子X線エネルギー、ミューオン原子寿命、ミュオン捕獲による残存核の生成分岐比、蒸発粒子のエネルギー分布のデータの含んでおり、半導体デバイスのソフトエラー対策、放射線安全、医療用RI製造、非破壊元素分析といった幅広い分野での研究開発に貢献します。 | 2025年度内の公開を目標に開発中 | 仁科加速器科学研究センター核変換データ研究開発室 |
| 物理科学 | Database of RI beams produced at BigRIPS | 仁科加速器科学研究センター・RI Beam Factory施設内にあるRIビーム分離生成装置（BigRIPS)を用いて生成された不安定核ビームの実績リストです。RIBFでの不安定核物理学実験を計画する際の基本情報となります。 | 2019/6/6 | 仁科加速器科学研究センターRIビーム分離生成装置チーム |
| 開拓科学/物理科学 | 全天X線監視装置公開データ (MAXI) | 国際宇宙ステーション搭載の全天X線監視装置MAXIの、全天のX線天体の変動が記録されたデータベースです。MAXIは、X線 (2-30 keV) 帯域で2009年以降の長期にわたり全天を系統的に常時監視しています。突然出現する天体に対するアラートを含め、X線天文学にとどまらず、突発天体の電波からガンマ線の電磁波天文学、加えて重力波、ニュートリノ天文学におけるインフラ的な重要な情報源となっています。MAXIのデータは理研からの公開データのほかに、NASAのHEASARCデータベース、JAXAのDARTデータベースからも観測データが公開されています。 | 2009/8/15 | 開拓研究所 / 仁科加速器科学研究センター |
3 数理・計算・情報科学分野
| 領域 | 公開データベース名（略称） | 概要 | 公開日 | センター・本部等 |
|---|---|---|---|---|
| 数理・計算・情報科学 | プログラムコード | 革新知能統合研究センターのチームがアルゴリズムに関する論文発表で使用したプログラムコードを公開しています。チームごとにソースコードをまとめて掲載しており、我々の成果を活用して、更なる開発を推進していただけます。 | 2022/2/8 | 革新知能統合研究センター革新知能統合研究センター |
| 数理・計算・情報科学 | 理研ナウキャスト | 理研天気予報で公開している、降水ナウキャスティング用のプログラムです。 移流方程式に基づく運動学的なアプローチと、降水パターンの動きに基づくデータドリブンなアプローチを組み合わせてナウキャストを実現しています。 現在はディープラーニングに基づいたアルゴリズムの開発も行っています。 | 2018/6/7 | 数理創造研究センター予測科学研究チーム |
| 数理・計算・情報科学 | Open-set Scene Graph dataset (OSG dataset) | Visual Genomeシーングラフデータセットをもとに，オープンセットシーングラフへと拡張したデータセット（その拡張のための処理スクリプト）です。 | 2022/4/21 | 情報統合本部感覚データ認識研究チーム |
| 数理・計算・情報科学 | Replica Semantic Scene Graph dataset (ReplicaSSG) | Replicaデータセットに，Visual Genomeデータセット準拠のシーングラフアノテーションを追加したデータセット | 2025/8/1 | 情報統合本部感覚データ認識研究チーム |
| 数理・計算・情報科学 | RIKEN facial expression database (RIKEN Facial Database) | 感情次元（感情が快不快と活性度の2次元で説明できるとする理論）に対応付けられ、さらに多角度と深度情報を備える表情動画のデータベースです。 | 2023/12/8 | 情報統合本部心理プロセス研究チーム |
| 数理・計算・情報科学 | sbPOM-LETKF (sbPOM-LETKF) | 領域海洋モデルsbPOMに、LETKFによるデータ同化を実装しました。 | 2022/6/27 | 数理創造研究センター予測科学研究チーム |
| 数理・計算・情報科学 | SCALE-LETKF (SCALE-LETKF) | 理研 R-CCS で開発されている領域気象モデル SCALE-RM に LETKF によるデータ同化を実装しました。 | 2024/4/5 | 数理創造研究センター予測科学研究チーム |
| 数理・計算・情報科学 | Scene-Specific Anomalous Relationship Detection indoor dataset (SARD indoor dataset) | シーンの平常時を定義する画像群と，平常時とは異なる異常な状態を含む画像からなる宅内画像データセットです。 | 2025/6/19 | 情報統合本部感覚データ認識研究チーム |
| 数理・計算・情報科学 | SEIB-PF (SEIB-PF) | SEIB-DGVM は一本一本の樹を陽に計算することのできる動的全球植生モデルです。 SEIB-PF では SEIB-DVGM に Particle Filter を実装し, Leaf Area Index（葉面積指数）観測の同化を可能としました。 | 2019/10/24 | 数理創造研究センター予測科学研究チーム |
| 数理・計算・情報科学 | 制御シミュレーション実験 (CSE) | 制御シミュレーション実験のためのプログラム。 https://doi.org/10.5194/npg-29-133-2022 https://doi.org/10.5194/npg-30-117-2023 | 2022/8/31 2023/7/17 | 数理創造研究センター予測科学研究チーム |
| 数理・計算・情報科学 | 局所アンサンブル変換カルマンフィルタ (LETKF) | LETKF (Local Ensemble Transform Kalman Filter: 局所アンサンブル変換カルマンフィルタ) はアンサンブルカルマンフィルタに基づくデータ同化手法の一つです。 汎用的な処理を行うための Fortran モジュールと, Lorenz-96 や Speedy, WRF などいくつかのモデルへの実装を公開しています。 | 数理創造研究センター予測科学研究チーム |